17. pysisyphus

• 17.1. pysisyphus package
  • 17.1.1. Subpackages
    • 17.1.1.1. pysisyphus.benchmarks package
      • 17.1.1.1.1. Submodules
      • 17.1.1.1.2. pysisyphus.benchmarks.Benchmark module
      • 17.1.1.1.3. pysisyphus.benchmarks.data module
      • 17.1.1.1.4. Module contents
    • 17.1.1.2. pysisyphus.calculators package
      • 17.1.1.2.1. Submodules
      • 17.1.1.2.2. pysisyphus.calculators.AFIR module
      • 17.1.1.2.3. pysisyphus.calculators.AnaPot module
      • 17.1.1.2.4. pysisyphus.calculators.AnaPot2 module
      • 17.1.1.2.5. pysisyphus.calculators.AnaPot3 module
      • 17.1.1.2.6. pysisyphus.calculators.AnaPot4 module
      • 17.1.1.2.7. pysisyphus.calculators.AnaPotBase module
      • 17.1.1.2.8. pysisyphus.calculators.AnaPotCBM module
      • 17.1.1.2.9. pysisyphus.calculators.AtomAtomTransTorque module
      • 17.1.1.2.10. pysisyphus.calculators.Calculator module
      • 17.1.1.2.11. pysisyphus.calculators.CerjanMiller module
      • 17.1.1.2.12. pysisyphus.calculators.Composite module
      • 17.1.1.2.13. pysisyphus.calculators.ConicalIntersection module
      • 17.1.1.2.14. pysisyphus.calculators.DFTBp module
      • 17.1.1.2.15. pysisyphus.calculators.Dalton module
      • 17.1.1.2.16. pysisyphus.calculators.Dimer module
      • 17.1.1.2.17. pysisyphus.calculators.Dummy module
      • 17.1.1.2.18. pysisyphus.calculators.EGO module
      • 17.1.1.2.19. pysisyphus.calculators.EnergyMin module
      • 17.1.1.2.20. pysisyphus.calculators.ExternalPotential module
      • 17.1.1.2.21. pysisyphus.calculators.FakeASE module
      • 17.1.1.2.22. pysisyphus.calculators.FourWellAnaPot module
      • 17.1.1.2.23. pysisyphus.calculators.FreeEndNEBPot module
      • 17.1.1.2.24. pysisyphus.calculators.Gaussian09 module
      • 17.1.1.2.25. pysisyphus.calculators.Gaussian16 module
      • 17.1.1.2.26. pysisyphus.calculators.HardSphere module
      • 17.1.1.2.27. pysisyphus.calculators.IDPPCalculator module
      • 17.1.1.2.28. pysisyphus.calculators.IPIClient module
      • 17.1.1.2.29. pysisyphus.calculators.IPIServer module
      • 17.1.1.2.30. pysisyphus.calculators.LEPSBase module
      • 17.1.1.2.31. pysisyphus.calculators.LEPSExpr module
      • 17.1.1.2.32. pysisyphus.calculators.LennardJones module
      • 17.1.1.2.33. pysisyphus.calculators.MOPAC module
      • 17.1.1.2.34. pysisyphus.calculators.MullerBrownSympyPot module
      • 17.1.1.2.35. pysisyphus.calculators.MultiCalc module
      • 17.1.1.2.36. pysisyphus.calculators.OBabel module
      • 17.1.1.2.37. pysisyphus.calculators.ONIOMv2 module
      • 17.1.1.2.38. pysisyphus.calculators.ORCA module
      • 17.1.1.2.39. pysisyphus.calculators.ORCA5 module
      • 17.1.1.2.40. pysisyphus.calculators.OpenMM module
      • 17.1.1.2.41. pysisyphus.calculators.OpenMolcas module
      • 17.1.1.2.42. pysisyphus.calculators.OverlapCalculator module
      • 17.1.1.2.43. pysisyphus.calculators.Psi4 module
      • 17.1.1.2.44. pysisyphus.calculators.PyPsi4 module
      • 17.1.1.2.45. pysisyphus.calculators.PySCF module
      • 17.1.1.2.46. pysisyphus.calculators.PyXTB module
      • 17.1.1.2.47. pysisyphus.calculators.QCEngine module
      • 17.1.1.2.48. pysisyphus.calculators.Rastrigin module
      • 17.1.1.2.49. pysisyphus.calculators.Remote module
      • 17.1.1.2.50. pysisyphus.calculators.Rosenbrock module
      • 17.1.1.2.51. pysisyphus.calculators.SocketCalc module
      • 17.1.1.2.52. pysisyphus.calculators.TIP3P module
      • 17.1.1.2.53. pysisyphus.calculators.TransTorque module
      • 17.1.1.2.54. pysisyphus.calculators.Turbomole module
      • 17.1.1.2.55. pysisyphus.calculators.WFOWrapper module
      • 17.1.1.2.56. pysisyphus.calculators.WFOWrapper2 module
      • 17.1.1.2.57. pysisyphus.calculators.XTB module
      • 17.1.1.2.58. pysisyphus.calculators.parser module
      • 17.1.1.2.59. Module contents
    • 17.1.1.3. pysisyphus.cos package
      • 17.1.1.3.1. Submodules
      • 17.1.1.3.2. pysisyphus.cos.AdaptiveNEB module
      • 17.1.1.3.3. pysisyphus.cos.ChainOfStates module
      • 17.1.1.3.4. pysisyphus.cos.FreeEndNEB module
      • 17.1.1.3.5. pysisyphus.cos.FreezingString module
      • 17.1.1.3.6. pysisyphus.cos.GrowingChainOfStates module
      • 17.1.1.3.7. pysisyphus.cos.GrowingNT module
      • 17.1.1.3.8. pysisyphus.cos.GrowingString module
      • 17.1.1.3.9. pysisyphus.cos.NEB module
      • 17.1.1.3.10. pysisyphus.cos.SimpleZTS module
      • 17.1.1.3.11. Module contents
    • 17.1.1.4. pysisyphus.db package
      • 17.1.1.4.1. Submodules
      • 17.1.1.4.2. pysisyphus.db.generate_db module
      • 17.1.1.4.3. pysisyphus.db.helpers module
      • 17.1.1.4.4. pysisyphus.db.level module
      • 17.1.1.4.5. pysisyphus.db.molecules module
      • 17.1.1.4.6. Module contents
    • 17.1.1.5. pysisyphus.drivers package
      • 17.1.1.5.1. Submodules
      • 17.1.1.5.2. pysisyphus.drivers.afir module
      • 17.1.1.5.3. pysisyphus.drivers.barriers module
      • 17.1.1.5.4. pysisyphus.drivers.birkholz module
      • 17.1.1.5.5. pysisyphus.drivers.merge module
      • 17.1.1.5.6. pysisyphus.drivers.opt module
      • 17.1.1.5.7. pysisyphus.drivers.perf module
      • 17.1.1.5.8. pysisyphus.drivers.pka module
      • 17.1.1.5.9. pysisyphus.drivers.precon_pos_rot module
      • 17.1.1.5.10. pysisyphus.drivers.rates module
      • 17.1.1.5.11. pysisyphus.drivers.replace module
      • 17.1.1.5.12. pysisyphus.drivers.scan module
      • 17.1.1.5.13. pysisyphus.drivers.thermo module
      • 17.1.1.5.14. Module contents
    • 17.1.1.6. pysisyphus.dynamics package
      • 17.1.1.6.1. Submodules
      • 17.1.1.6.2. pysisyphus.dynamics.Gaussian module
      • 17.1.1.6.3. pysisyphus.dynamics.colvars module
      • 17.1.1.6.4. pysisyphus.dynamics.driver module
      • 17.1.1.6.5. pysisyphus.dynamics.helpers module
      • 17.1.1.6.6. pysisyphus.dynamics.lincs module
      • 17.1.1.6.7. pysisyphus.dynamics.mdp module
      • 17.1.1.6.8. pysisyphus.dynamics.rattle module
      • 17.1.1.6.9. pysisyphus.dynamics.thermostats module
      • 17.1.1.6.10. Module contents
    • 17.1.1.7. pysisyphus.intcoords package
      • 17.1.1.7.1. Submodules
      • 17.1.1.7.2. pysisyphus.intcoords.Bend module
      • 17.1.1.7.3. pysisyphus.intcoords.Bend2 module
      • 17.1.1.7.4. pysisyphus.intcoords.BondedFragment module
      • 17.1.1.7.5. pysisyphus.intcoords.Cartesian module
      • 17.1.1.7.6. pysisyphus.intcoords.CartesianCoords module
      • 17.1.1.7.7. pysisyphus.intcoords.Coords module
      • 17.1.1.7.8. pysisyphus.intcoords.DLC module
      • 17.1.1.7.9. pysisyphus.intcoords.DistanceFunction module
      • 17.1.1.7.10. pysisyphus.intcoords.DummyTorsion module
      • 17.1.1.7.11. pysisyphus.intcoords.LinearBend module
      • 17.1.1.7.12. pysisyphus.intcoords.LinearDisplacement module
      • 17.1.1.7.13. pysisyphus.intcoords.OutOfPlane module
      • 17.1.1.7.14. pysisyphus.intcoords.PrimTypes module
      • 17.1.1.7.15. pysisyphus.intcoords.Primitive module
      • 17.1.1.7.16. pysisyphus.intcoords.RedundantCoords module
      • 17.1.1.7.17. pysisyphus.intcoords.Rotation module
      • 17.1.1.7.18. pysisyphus.intcoords.Stretch module
      • 17.1.1.7.19. pysisyphus.intcoords.Torsion module
      • 17.1.1.7.20. pysisyphus.intcoords.Torsion2 module
      • 17.1.1.7.21. pysisyphus.intcoords.Translation module
      • 17.1.1.7.22. pysisyphus.intcoords.augment_bonds module
      • 17.1.1.7.23. pysisyphus.intcoords.derivatives module
      • 17.1.1.7.24. pysisyphus.intcoords.eval module
      • 17.1.1.7.25. pysisyphus.intcoords.exceptions module
      • 17.1.1.7.26. pysisyphus.intcoords.findiffs module
      • 17.1.1.7.27. pysisyphus.intcoords.generate_derivatives module
      • 17.1.1.7.28. pysisyphus.intcoords.helpers module
      • 17.1.1.7.29. pysisyphus.intcoords.mp_derivatives module
      • 17.1.1.7.30. pysisyphus.intcoords.setup module
      • 17.1.1.7.31. pysisyphus.intcoords.setup_fast module
      • 17.1.1.7.32. pysisyphus.intcoords.update module
      • 17.1.1.7.33. pysisyphus.intcoords.valid module
      • 17.1.1.7.34. Module contents
    • 17.1.1.8. pysisyphus.interpolate package
      • 17.1.1.8.1. Submodules
      • 17.1.1.8.2. pysisyphus.interpolate.IDPP module
      • 17.1.1.8.3. pysisyphus.interpolate.Interpolator module
      • 17.1.1.8.4. pysisyphus.interpolate.LST module
      • 17.1.1.8.5. pysisyphus.interpolate.Redund module
      • 17.1.1.8.6. pysisyphus.interpolate.helpers module
      • 17.1.1.8.7. Module contents
    • 17.1.1.9. pysisyphus.io package
      • 17.1.1.9.1. Submodules
      • 17.1.1.9.2. pysisyphus.io.cjson module
      • 17.1.1.9.3. pysisyphus.io.crd module
      • 17.1.1.9.4. pysisyphus.io.hdf5 module
      • 17.1.1.9.5. pysisyphus.io.hessian module
      • 17.1.1.9.6. pysisyphus.io.mol2 module
      • 17.1.1.9.7. pysisyphus.io.molden module
      • 17.1.1.9.8. pysisyphus.io.pdb module
      • 17.1.1.9.9. pysisyphus.io.pubchem module
      • 17.1.1.9.10. pysisyphus.io.sdf module
      • 17.1.1.9.11. pysisyphus.io.xyz module
      • 17.1.1.9.12. pysisyphus.io.zmat module
      • 17.1.1.9.13. Module contents
    • 17.1.1.10. pysisyphus.irc package
      • 17.1.1.10.1. Submodules
      • 17.1.1.10.2. pysisyphus.irc.DWI module
      • 17.1.1.10.3. pysisyphus.irc.DampedVelocityVerlet module
      • 17.1.1.10.4. pysisyphus.irc.Euler module
      • 17.1.1.10.5. pysisyphus.irc.EulerPC module
      • 17.1.1.10.6. pysisyphus.irc.GonzalezSchlegel module
      • 17.1.1.10.7. pysisyphus.irc.IMKMod module
      • 17.1.1.10.8. pysisyphus.irc.IRC module
      • 17.1.1.10.9. pysisyphus.irc.IRCDummy module
      • 17.1.1.10.10. pysisyphus.irc.Instanton module
      • 17.1.1.10.11. pysisyphus.irc.LQA module
      • 17.1.1.10.12. pysisyphus.irc.ModeKill module
      • 17.1.1.10.13. pysisyphus.irc.ParamPlot module
      • 17.1.1.10.14. pysisyphus.irc.RK4 module
      • 17.1.1.10.15. pysisyphus.irc.initial_displ module
      • 17.1.1.10.16. Module contents
    • 17.1.1.11. pysisyphus.line_searches package
      • 17.1.1.11.1. Submodules
      • 17.1.1.11.2. pysisyphus.line_searches.Backtracking module
      • 17.1.1.11.3. pysisyphus.line_searches.HagerZhang module
      • 17.1.1.11.4. pysisyphus.line_searches.LineSearch module
      • 17.1.1.11.5. pysisyphus.line_searches.StrongWolfe module
      • 17.1.1.11.6. pysisyphus.line_searches.interpol module
      • 17.1.1.11.7. Module contents
    • 17.1.1.12. pysisyphus.modefollow package
      • 17.1.1.12.1. Submodules
      • 17.1.1.12.2. pysisyphus.modefollow.NormalMode module
      • 17.1.1.12.3. pysisyphus.modefollow.davidson module
      • 17.1.1.12.4. pysisyphus.modefollow.lanczos module
      • 17.1.1.12.5. Module contents
    • 17.1.1.13. pysisyphus.optimizers package
      • 17.1.1.13.1. Submodules
      • 17.1.1.13.2. pysisyphus.optimizers.BFGS module
      • 17.1.1.13.3. pysisyphus.optimizers.BacktrackingOptimizer module
      • 17.1.1.13.4. pysisyphus.optimizers.ConjugateGradient module
      • 17.1.1.13.5. pysisyphus.optimizers.CubicNewton module
      • 17.1.1.13.6. pysisyphus.optimizers.FIRE module
      • 17.1.1.13.7. pysisyphus.optimizers.HessianOptimizer module
      • 17.1.1.13.8. pysisyphus.optimizers.LBFGS module
      • 17.1.1.13.9. pysisyphus.optimizers.LayerOpt module
      • 17.1.1.13.10. pysisyphus.optimizers.MicroOptimizer module
      • 17.1.1.13.11. pysisyphus.optimizers.NCOptimizer module
      • 17.1.1.13.12. pysisyphus.optimizers.Optimizer module
      • 17.1.1.13.13. pysisyphus.optimizers.PreconLBFGS module
      • 17.1.1.13.14. pysisyphus.optimizers.PreconSteepestDescent module
      • 17.1.1.13.15. pysisyphus.optimizers.QuickMin module
      • 17.1.1.13.16. pysisyphus.optimizers.RFOptimizer module
      • 17.1.1.13.17. pysisyphus.optimizers.RSA module
      • 17.1.1.13.18. pysisyphus.optimizers.StabilizedQNMethod module
      • 17.1.1.13.19. pysisyphus.optimizers.SteepestDescent module
      • 17.1.1.13.20. pysisyphus.optimizers.StringOptimizer module
      • 17.1.1.13.21. pysisyphus.optimizers.closures module
      • 17.1.1.13.22. pysisyphus.optimizers.cls_map module
      • 17.1.1.13.23. pysisyphus.optimizers.exceptions module
      • 17.1.1.13.24. pysisyphus.optimizers.gdiis module
      • 17.1.1.13.25. pysisyphus.optimizers.guess_hessians module
      • 17.1.1.13.26. pysisyphus.optimizers.hessian_updates module
      • 17.1.1.13.27. pysisyphus.optimizers.poly_fit module
      • 17.1.1.13.28. pysisyphus.optimizers.precon module
      • 17.1.1.13.29. pysisyphus.optimizers.restrict_step module
      • 17.1.1.13.30. Module contents
    • 17.1.1.14. pysisyphus.plotters package
      • 17.1.1.14.1. Submodules
      • 17.1.1.14.2. pysisyphus.plotters.AnimPlot module
      • 17.1.1.14.3. Module contents
    • 17.1.1.15. pysisyphus.stocastic package
      • 17.1.1.15.1. Submodules
      • 17.1.1.15.2. pysisyphus.stocastic.FragmentKick module
      • 17.1.1.15.3. pysisyphus.stocastic.Kick module
      • 17.1.1.15.4. pysisyphus.stocastic.Pipeline module
      • 17.1.1.15.5. pysisyphus.stocastic.align module
      • 17.1.1.15.6. Module contents
    • 17.1.1.16. pysisyphus.tests package
      • 17.1.1.16.1. Submodules
      • 17.1.1.16.2. pysisyphus.tests.test_calculators module
      • 17.1.1.16.3. Module contents
    • 17.1.1.17. pysisyphus.tsoptimizers package
      • 17.1.1.17.1. Submodules
      • 17.1.1.17.2. pysisyphus.tsoptimizers.RSIRFOptimizer module
      • 17.1.1.17.3. pysisyphus.tsoptimizers.RSPRFOptimizer module
      • 17.1.1.17.4. pysisyphus.tsoptimizers.TRIM module
      • 17.1.1.17.5. pysisyphus.tsoptimizers.TSHessianOptimizer module
      • 17.1.1.17.6. Module contents
    • 17.1.1.18. pysisyphus.wrapper package
      • 17.1.1.18.1. Submodules
      • 17.1.1.18.2. pysisyphus.wrapper.jmol module
      • 17.1.1.18.3. pysisyphus.wrapper.mwfn module
      • 17.1.1.18.4. pysisyphus.wrapper.packmol module
      • 17.1.1.18.5. Module contents
  • 17.1.2. Submodules
  • 17.1.3. pysisyphus.Geometry module
    • Geometry
      • Geometry.__init__()
      • Geometry.align_principal_axes()
      • Geometry.all_energies
      • Geometry.approximate_radius()
      • Geometry.as_ase_atoms()
      • Geometry.as_g98_list()
      • Geometry.as_xyz()
      • Geometry.assert_cart_coords()
      • Geometry.assert_compatibility()
      • Geometry.atom_indices()
      • Geometry.atom_types
      • Geometry.atom_xyz_iter()
      • Geometry.atomic_numbers
      • Geometry.bond_sets
      • Geometry.calc_double_ao_overlap()
      • Geometry.calc_energy_and_forces()
      • Geometry.cart_coords
      • Geometry.cart_forces
      • Geometry.cart_gradient
      • Geometry.cart_hessian
      • Geometry.center()
      • Geometry.center_of_mass
      • Geometry.center_of_mass_at()
      • Geometry.centroid
      • Geometry.clear()
      • Geometry.comment
      • Geometry.coord_types
      • Geometry.coords
      • Geometry.coords3d
      • Geometry.coords_by_type
      • Geometry.copy()
      • Geometry.copy_all()
      • Geometry.covalent_radii
      • Geometry.del_atoms()
      • Geometry.describe()
      • Geometry.dump_xyz()
      • Geometry.eckart_projection()
      • Geometry.energy
      • Geometry.fd_coords3d_gen()
      • Geometry.forces
      • Geometry.get_energy_and_cart_forces_at()
      • Geometry.get_energy_and_cart_hessian_at()
      • Geometry.get_energy_and_forces_at()
      • Geometry.get_energy_at()
      • Geometry.get_energy_at_cart_coords()
      • Geometry.get_fragments()
      • Geometry.get_imag_frequencies()
      • Geometry.get_normal_modes()
      • Geometry.get_restart_info()
      • Geometry.get_sphere_radius()
      • Geometry.get_subgeom()
      • Geometry.get_subgeom_without()
      • Geometry.get_temporary_coords()
      • Geometry.get_thermoanalysis()
      • Geometry.get_trans_rot_projector()
      • Geometry.gradient
      • Geometry.hessian
      • Geometry.inertia_tensor
      • Geometry.is_analytical_2d
      • Geometry.jmol()
      • Geometry.layers
      • Geometry.mass_weigh_hessian()
      • Geometry.masses
      • Geometry.masses_rep
      • Geometry.mm_inv
      • Geometry.mm_sqrt_inv
      • Geometry.modes3d()
      • Geometry.moving_atoms
      • Geometry.moving_atoms_jmol()
      • Geometry.mw_coords
      • Geometry.mw_gradient
      • Geometry.mw_hessian
      • Geometry.principal_axes_are_aligned()
      • Geometry.reparametrize()
      • Geometry.reset_coords()
      • Geometry.rmsd()
      • Geometry.rotate()
      • Geometry.set_calculator()
      • Geometry.set_coord()
      • Geometry.set_coords()
      • Geometry.set_h5_hessian()
      • Geometry.set_restart_info()
      • Geometry.set_results()
      • Geometry.standard_orientation()
      • Geometry.sum_formula
      • Geometry.tmp_xyz_handle()
      • Geometry.total_mass
      • Geometry.unweight_mw_hessian()
      • Geometry.vdw_radii
      • Geometry.vdw_volume()
      • Geometry.without_hydrogens()
      • Geometry.zero_frozen_forces()
    • get_trans_rot_projector()
    • get_trans_rot_vectors()
    • inertia_tensor()
  • 17.1.4. pysisyphus.TableFormatter module
    • TableFormatter
      • TableFormatter.header
      • TableFormatter.join_format()
      • TableFormatter.line()
      • TableFormatter.min_width_fmts()
    • run()
  • 17.1.5. pysisyphus.TablePrinter module
    • TablePrinter
      • TablePrinter.print()
      • TablePrinter.print_header()
      • TablePrinter.print_row()
      • TablePrinter.print_sep()
  • 17.1.6. pysisyphus.color module
    • bool_color()
    • green()
    • red()
  • 17.1.7. pysisyphus.config module
    • detect_paths()
    • get_cmd()
    • parse_args()
    • run_detect_paths()
  • 17.1.8. pysisyphus.constants module
  • 17.1.9. pysisyphus.elem_data module
    • get_tm_indices()
    • nuc_charges_for_atoms()
  • 17.1.10. pysisyphus.exceptions module
    • HEIIsFirstOrLastException
  • 17.1.11. pysisyphus.filtertrj module
    • get_unique_internals()
    • parse_args()
    • parse_filter()
    • run()
  • 17.1.12. pysisyphus.helpers module
    • FinalHessianResult
      • FinalHessianResult.eigvals
      • FinalHessianResult.imag_fns
      • FinalHessianResult.neg_eigvals
      • FinalHessianResult.nus
      • FinalHessianResult.thermo
    • align_coords()
    • align_geoms()
    • check_for_end_sign()
    • complete_fragments()
    • confirm_input()
    • do_final_hessian()
    • fit_rigid()
    • geom_from_xyz_file()
    • geom_loader()
    • geoms_from_trj()
    • get_coords_diffs()
    • get_geom_getter()
    • get_tangent_trj_str()
    • imag_modes_from_geom()
    • index_array_from_overlaps()
    • match_geoms()
    • norm_max_rms()
    • np_print()
    • pick_image_inds()
    • print_barrier()
    • procrustes()
    • shake_coords()
    • simple_peaks()
    • slugify_worker()
  • 17.1.13. pysisyphus.helpers_pure module
    • OrderedEnum
    • approx_float()
    • cache_arrays()
    • check_mem()
    • chunks()
    • describe()
    • eigval_to_wavenumber()
    • estimate()
    • expand()
    • file_or_str()
    • filter_fixture_store()
    • find_closest_sequence()
    • full_expand()
    • get_box()
    • get_clock()
    • get_cubic_crystal()
    • get_input()
    • get_molecular_radius()
    • get_random_path()
    • get_ratio()
    • hash_args()
    • hash_arr()
    • highlight_text()
    • increment_fn()
    • interpolate_colors()
    • json_to_results()
    • kill_dir()
    • log()
    • merge_sets()
    • molecular_volume()
    • recursive_update()
    • remove_duplicates()
    • report_frozen_atoms()
    • report_isotopes()
    • results_to_json()
    • rms()
    • sort_by_central()
    • standard_state_corr()
    • timed()
    • to_sets()
    • to_subscript_num()
    • touch()
  • 17.1.14. pysisyphus.init_logging module
    • get_fh_logger()
    • init_logging()
    • init_logging_base()
  • 17.1.15. pysisyphus.linalg module
    • cross3()
    • eigvec_grad()
    • finite_difference_hessian()
    • get_rot_mat()
    • get_rot_mat_for_coords()
    • gram_schmidt()
    • make_unit_vec()
    • matrix_power()
    • multi_component_sym_mat()
    • norm3()
    • orthogonalize_against()
    • perp_comp()
    • pivoted_cholesky()
    • pivoted_cholesky2()
    • quaternion_to_rot_mat()
    • rmsd_grad()
    • rot_quaternion()
    • svd_inv()
    • sym_mat_from_tril()
    • sym_mat_from_triu()
  • 17.1.16. pysisyphus.pack module
    • as_pdb()
    • parse_args()
    • print_info()
    • run()
    • sphere_radius_from_volume()
    • volume_for_density()
  • 17.1.17. pysisyphus.peakdetect module
    • peakdetect()
    • peakdetect_fft()
    • peakdetect_parabola()
    • peakdetect_sine()
    • peakdetect_sine_locked()
    • peakdetect_spline()
    • peakdetect_zero_crossing()
    • zero_crossings()
    • zero_crossings_sine_fit()
  • 17.1.18. pysisyphus.plot module
    • CDD_PNG_FNS
    • anim_cos()
    • get_en_conv()
    • get_force_unit()
    • list_h5_groups()
    • load_h5()
    • parse_args()
    • plot_afir()
    • plot_all_energies()
    • plot_cos_energies()
    • plot_cos_forces()
    • plot_cycle()
    • plot_gau()
    • plot_irc()
    • plot_irc_h5()
    • plot_md()
    • plot_opt()
    • plot_overlaps()
    • plot_scan()
    • plot_trj_energies()
    • render_cdds()
    • run()
    • spline_plot_cycles()
  • 17.1.19. pysisyphus.run module
    • RunResult
      • RunResult.calc_getter
      • RunResult.calced_geoms
      • RunResult.calced_results
      • RunResult.cos
      • RunResult.cos_opt
      • RunResult.end_geoms
      • RunResult.irc
      • RunResult.irc_geom
      • RunResult.mdp_result
      • RunResult.opt
      • RunResult.opt_geom
      • RunResult.perf_results
      • RunResult.preopt_first_geom
      • RunResult.preopt_last_geom
      • RunResult.scan_energies
      • RunResult.scan_geoms
      • RunResult.scan_vals
      • RunResult.stocastic
      • RunResult.ts_geom
      • RunResult.ts_opt
    • check_asserts()
    • copy_yaml_and_geometries()
    • do_clean()
    • do_rmsds()
    • get_calc_closure()
    • get_defaults()
    • get_last_calc_cycle()
    • load_run_dict()
    • main()
    • parse_args()
    • print_bibtex()
    • print_header()
    • run()
    • run_calculations()
    • run_endopt()
    • run_from_dict()
    • run_irc()
    • run_md()
    • run_mdp()
    • run_preopt()
    • run_scan()
    • run_stocastic()
    • run_tsopt_from_cos()
    • setup_run_dict()
  • 17.1.20. pysisyphus.socket_helper module
    • get_fmts()
    • recv_closure()
    • send_closure()
  • 17.1.21. pysisyphus.testing module
    • DummyMark
    • available()
    • module_available()
    • using()
  • 17.1.22. pysisyphus.thermo module
    • get_thermoanalysis_from_hess_h5()
    • print_thermoanalysis()
  • 17.1.23. pysisyphus.trj module
    • GotNoGeometryException
    • align()
    • append()
    • center()
    • centerm()
    • dump_geoms()
    • every()
    • frag_sort()
    • get()
    • get_geoms()
    • get_interactively()
    • hardsphere_merge()
    • match()
    • origin()
    • parse_args()
    • print_internal_vals()
    • print_internals()
    • read_geoms()
    • run()
    • shake()
    • spline_redistribute()
    • standard_orientation()
    • standardize_geoms()
    • translate()
  • 17.1.24. pysisyphus.version module
  • 17.1.25. pysisyphus.xyzloader module
    • coords_to_trj()
    • make_trj_str()
    • make_trj_str_from_geoms()
    • make_xyz_str()
    • parse_trj_file()
    • parse_trj_str()
    • parse_xyz_file()
    • parse_xyz_str()
    • split_xyz_str()
    • write_geoms_to_trj()
  • 17.1.26. pysisyphus.yaml_mods module
    • get_constructor()
    • get_loader()
  • 17.1.27. Module contents