17. pysisyphus

• 17.1. pysisyphus package
  • 17.1.1. Subpackages
    • 17.1.1.1. pysisyphus.benchmarks package
      • 17.1.1.1.1. Submodules
      • 17.1.1.1.2. pysisyphus.benchmarks.Benchmark module
      • 17.1.1.1.3. pysisyphus.benchmarks.data module
      • 17.1.1.1.4. Module contents
    • 17.1.1.2. pysisyphus.calculators package
      • 17.1.1.2.1. Submodules
      • 17.1.1.2.2. pysisyphus.calculators.AFIR module
      • 17.1.1.2.3. pysisyphus.calculators.AnaPot module
      • 17.1.1.2.4. pysisyphus.calculators.AnaPot2 module
      • 17.1.1.2.5. pysisyphus.calculators.AnaPot3 module
      • 17.1.1.2.6. pysisyphus.calculators.AnaPot4 module
      • 17.1.1.2.7. pysisyphus.calculators.AnaPotBase module
      • 17.1.1.2.8. pysisyphus.calculators.AnaPotCBM module
      • 17.1.1.2.9. pysisyphus.calculators.AtomAtomTransTorque module
      • 17.1.1.2.10. pysisyphus.calculators.CFOUR module
      • 17.1.1.2.11. pysisyphus.calculators.Calculator module
      • 17.1.1.2.12. pysisyphus.calculators.CerjanMiller module
      • 17.1.1.2.13. pysisyphus.calculators.Composite module
      • 17.1.1.2.14. pysisyphus.calculators.ConicalIntersection module
      • 17.1.1.2.15. pysisyphus.calculators.DFTBp module
      • 17.1.1.2.16. pysisyphus.calculators.DFTD3 module
      • 17.1.1.2.17. pysisyphus.calculators.DFTD4 module
      • 17.1.1.2.18. pysisyphus.calculators.Dalton module
      • 17.1.1.2.19. pysisyphus.calculators.Dimer module
      • 17.1.1.2.20. pysisyphus.calculators.Dummy module
      • 17.1.1.2.21. pysisyphus.calculators.EGO module
      • 17.1.1.2.22. pysisyphus.calculators.EnergyMin module
      • 17.1.1.2.23. pysisyphus.calculators.ExternalPotential module
      • 17.1.1.2.24. pysisyphus.calculators.FakeASE module
      • 17.1.1.2.25. pysisyphus.calculators.FourWellAnaPot module
      • 17.1.1.2.26. pysisyphus.calculators.FreeEndNEBPot module
      • 17.1.1.2.27. pysisyphus.calculators.Gaussian09 module
      • 17.1.1.2.28. pysisyphus.calculators.Gaussian16 module
      • 17.1.1.2.29. pysisyphus.calculators.HardSphere module
      • 17.1.1.2.30. pysisyphus.calculators.IDPPCalculator module
      • 17.1.1.2.31. pysisyphus.calculators.IPIClient module
      • 17.1.1.2.32. pysisyphus.calculators.IPIServer module
      • 17.1.1.2.33. pysisyphus.calculators.LEPSBase module
      • 17.1.1.2.34. pysisyphus.calculators.LEPSExpr module
      • 17.1.1.2.35. pysisyphus.calculators.LennardJones module
      • 17.1.1.2.36. pysisyphus.calculators.MOPAC module
      • 17.1.1.2.37. pysisyphus.calculators.MullerBrownSympyPot module
      • 17.1.1.2.38. pysisyphus.calculators.MultiCalc module
      • 17.1.1.2.39. pysisyphus.calculators.NFK module
      • 17.1.1.2.40. pysisyphus.calculators.OBabel module
      • 17.1.1.2.41. pysisyphus.calculators.ONIOMv2 module
      • 17.1.1.2.42. pysisyphus.calculators.ORCA module
      • 17.1.1.2.43. pysisyphus.calculators.ORCA5 module
      • 17.1.1.2.44. pysisyphus.calculators.OpenMM module
      • 17.1.1.2.45. pysisyphus.calculators.OpenMolcas module
      • 17.1.1.2.46. pysisyphus.calculators.OverlapCalculator module
      • 17.1.1.2.47. pysisyphus.calculators.Pots1d module
      • 17.1.1.2.48. pysisyphus.calculators.Psi4 module
      • 17.1.1.2.49. pysisyphus.calculators.PyPsi4 module
      • 17.1.1.2.50. pysisyphus.calculators.PySCF module
      • 17.1.1.2.51. pysisyphus.calculators.QCEngine module
      • 17.1.1.2.52. pysisyphus.calculators.Rastrigin module
      • 17.1.1.2.53. pysisyphus.calculators.Remote module
      • 17.1.1.2.54. pysisyphus.calculators.RobinDayClass2 module
      • 17.1.1.2.55. pysisyphus.calculators.Rosenbrock module
      • 17.1.1.2.56. pysisyphus.calculators.SerpentinePot module
      • 17.1.1.2.57. pysisyphus.calculators.SocketCalc module
      • 17.1.1.2.58. pysisyphus.calculators.TBLite module
      • 17.1.1.2.59. pysisyphus.calculators.TIP3P module
      • 17.1.1.2.60. pysisyphus.calculators.TransTorque module
      • 17.1.1.2.61. pysisyphus.calculators.Turbomole module
      • 17.1.1.2.62. pysisyphus.calculators.VRIPot module
      • 17.1.1.2.63. pysisyphus.calculators.WFOWrapper module
      • 17.1.1.2.64. pysisyphus.calculators.WFOWrapper2 module
      • 17.1.1.2.65. pysisyphus.calculators.XTB module
      • 17.1.1.2.66. pysisyphus.calculators.cosmo_data module
      • 17.1.1.2.67. pysisyphus.calculators.parser module
      • 17.1.1.2.68. pysisyphus.calculators.pyscf_lazy module
      • 17.1.1.2.69. Module contents
    • 17.1.1.3. pysisyphus.cos package
      • 17.1.1.3.1. Submodules
      • 17.1.1.3.2. pysisyphus.cos.AdaptiveNEB module
      • 17.1.1.3.3. pysisyphus.cos.ChainOfStates module
      • 17.1.1.3.4. pysisyphus.cos.FreeEndNEB module
      • 17.1.1.3.5. pysisyphus.cos.FreezingString module
      • 17.1.1.3.6. pysisyphus.cos.GrowingChainOfStates module
      • 17.1.1.3.7. pysisyphus.cos.GrowingNT module
      • 17.1.1.3.8. pysisyphus.cos.GrowingString module
      • 17.1.1.3.9. pysisyphus.cos.NEB module
      • 17.1.1.3.10. pysisyphus.cos.SimpleZTS module
      • 17.1.1.3.11. pysisyphus.cos.distributed module
      • 17.1.1.3.12. pysisyphus.cos.multi_state module
      • 17.1.1.3.13. pysisyphus.cos.stiffness module
      • 17.1.1.3.14. Module contents
    • 17.1.1.4. pysisyphus.db package
      • 17.1.1.4.1. Submodules
      • 17.1.1.4.2. pysisyphus.db.generate_db module
      • 17.1.1.4.3. pysisyphus.db.helpers module
      • 17.1.1.4.4. pysisyphus.db.level module
      • 17.1.1.4.5. pysisyphus.db.molecules module
      • 17.1.1.4.6. Module contents
    • 17.1.1.5. pysisyphus.diabatization package
      • 17.1.1.5.1. Submodules
      • 17.1.1.5.2. pysisyphus.diabatization.chimerabatch module
      • 17.1.1.5.3. pysisyphus.diabatization.coulomb module
      • 17.1.1.5.4. pysisyphus.diabatization.coulomb_eta module
      • 17.1.1.5.5. pysisyphus.diabatization.driver module
      • 17.1.1.5.6. pysisyphus.diabatization.driver_yaml module
      • 17.1.1.5.7. pysisyphus.diabatization.helpers module
      • 17.1.1.5.8. pysisyphus.diabatization.multipole module
      • 17.1.1.5.9. pysisyphus.diabatization.plot module
      • 17.1.1.5.10. pysisyphus.diabatization.results module
      • 17.1.1.5.11. Module contents
    • 17.1.1.6. pysisyphus.drivers package
      • 17.1.1.6.1. Submodules
      • 17.1.1.6.2. pysisyphus.drivers.afir module
      • 17.1.1.6.3. pysisyphus.drivers.barriers module
      • 17.1.1.6.4. pysisyphus.drivers.birkholz module
      • 17.1.1.6.5. pysisyphus.drivers.boltzmann module
      • 17.1.1.6.6. pysisyphus.drivers.calculations module
      • 17.1.1.6.7. pysisyphus.drivers.cluster module
      • 17.1.1.6.8. pysisyphus.drivers.local_force_constants module
      • 17.1.1.6.9. pysisyphus.drivers.merge module
      • 17.1.1.6.10. pysisyphus.drivers.merge_mol2 module
      • 17.1.1.6.11. pysisyphus.drivers.opt module
      • 17.1.1.6.12. pysisyphus.drivers.perf module
      • 17.1.1.6.13. pysisyphus.drivers.pka module
      • 17.1.1.6.14. pysisyphus.drivers.precon_pos_rot module
      • 17.1.1.6.15. pysisyphus.drivers.rates module
      • 17.1.1.6.16. pysisyphus.drivers.replace module
      • 17.1.1.6.17. pysisyphus.drivers.scan module
      • 17.1.1.6.18. pysisyphus.drivers.spectrum module
      • 17.1.1.6.19. pysisyphus.drivers.spectrum_ctnum module
      • 17.1.1.6.20. pysisyphus.drivers.thermo module
      • 17.1.1.6.21. Module contents
    • 17.1.1.7. pysisyphus.dynamics package
      • 17.1.1.7.1. Submodules
      • 17.1.1.7.2. pysisyphus.dynamics.Gaussian module
      • 17.1.1.7.3. pysisyphus.dynamics.colvars module
      • 17.1.1.7.4. pysisyphus.dynamics.driver module
      • 17.1.1.7.5. pysisyphus.dynamics.helpers module
      • 17.1.1.7.6. pysisyphus.dynamics.lincs module
      • 17.1.1.7.7. pysisyphus.dynamics.mdp module
      • 17.1.1.7.8. pysisyphus.dynamics.rattle module
      • 17.1.1.7.9. pysisyphus.dynamics.thermostats module
      • 17.1.1.7.10. pysisyphus.dynamics.wigner module
      • 17.1.1.7.11. Module contents
    • 17.1.1.8. pysisyphus.franckcondon package
      • 17.1.1.8.1. Submodules
      • 17.1.1.8.2. pysisyphus.franckcondon.duschinsky module
      • 17.1.1.8.3. pysisyphus.franckcondon.helpers module
      • 17.1.1.8.4. pysisyphus.franckcondon.imdho module
      • 17.1.1.8.5. pysisyphus.franckcondon.lq2 module
      • 17.1.1.8.6. Module contents
    • 17.1.1.9. pysisyphus.hindered_rotor package
      • 17.1.1.9.1. Submodules
      • 17.1.1.9.2. pysisyphus.hindered_rotor.RotorInfo module
      • 17.1.1.9.3. pysisyphus.hindered_rotor.TorsionGPRResult module
      • 17.1.1.9.4. pysisyphus.hindered_rotor.fragment module
      • 17.1.1.9.5. pysisyphus.hindered_rotor.inertmom module
      • 17.1.1.9.6. pysisyphus.hindered_rotor.opt module
      • 17.1.1.9.7. pysisyphus.hindered_rotor.torsion_driver module
      • 17.1.1.9.8. pysisyphus.hindered_rotor.torsion_gpr module
      • 17.1.1.9.9. pysisyphus.hindered_rotor.types module
      • 17.1.1.9.10. Module contents
    • 17.1.1.10. pysisyphus.intcoords package
      • 17.1.1.10.1. Submodules
      • 17.1.1.10.2. pysisyphus.intcoords.Bend module
      • 17.1.1.10.3. pysisyphus.intcoords.Bend2 module
      • 17.1.1.10.4. pysisyphus.intcoords.BondedFragment module
      • 17.1.1.10.5. pysisyphus.intcoords.Cartesian module
      • 17.1.1.10.6. pysisyphus.intcoords.CartesianCoords module
      • 17.1.1.10.7. pysisyphus.intcoords.Coords module
      • 17.1.1.10.8. pysisyphus.intcoords.DLC module
      • 17.1.1.10.9. pysisyphus.intcoords.DistanceFunction module
      • 17.1.1.10.10. pysisyphus.intcoords.DummyImproper module
      • 17.1.1.10.11. pysisyphus.intcoords.DummyTorsion module
      • 17.1.1.10.12. pysisyphus.intcoords.LinearBend module
      • 17.1.1.10.13. pysisyphus.intcoords.LinearDisplacement module
      • 17.1.1.10.14. pysisyphus.intcoords.OutOfPlane module
      • 17.1.1.10.15. pysisyphus.intcoords.PrimTypes module
      • 17.1.1.10.16. pysisyphus.intcoords.Primitive module
      • 17.1.1.10.17. pysisyphus.intcoords.RedundantCoords module
      • 17.1.1.10.18. pysisyphus.intcoords.RobustTorsion module
      • 17.1.1.10.19. pysisyphus.intcoords.Rotation module
      • 17.1.1.10.20. pysisyphus.intcoords.Stretch module
      • 17.1.1.10.21. pysisyphus.intcoords.Torsion module
      • 17.1.1.10.22. pysisyphus.intcoords.Torsion2 module
      • 17.1.1.10.23. pysisyphus.intcoords.Translation module
      • 17.1.1.10.24. pysisyphus.intcoords.augment_bonds module
      • 17.1.1.10.25. pysisyphus.intcoords.derivatives module
      • 17.1.1.10.26. pysisyphus.intcoords.eval module
      • 17.1.1.10.27. pysisyphus.intcoords.exceptions module
      • 17.1.1.10.28. pysisyphus.intcoords.findiffs module
      • 17.1.1.10.29. pysisyphus.intcoords.generate_derivatives module
      • 17.1.1.10.30. pysisyphus.intcoords.helpers module
      • 17.1.1.10.31. pysisyphus.intcoords.logging_conf module
      • 17.1.1.10.32. pysisyphus.intcoords.mp_derivatives module
      • 17.1.1.10.33. pysisyphus.intcoords.setup module
      • 17.1.1.10.34. pysisyphus.intcoords.setup_fast module
      • 17.1.1.10.35. pysisyphus.intcoords.update module
      • 17.1.1.10.36. pysisyphus.intcoords.valid module
      • 17.1.1.10.37. Module contents
    • 17.1.1.11. pysisyphus.interpolate package
      • 17.1.1.11.1. Submodules
      • 17.1.1.11.2. pysisyphus.interpolate.Geodesic module
      • 17.1.1.11.3. pysisyphus.interpolate.IDPP module
      • 17.1.1.11.4. pysisyphus.interpolate.Interpolator module
      • 17.1.1.11.5. pysisyphus.interpolate.LST module
      • 17.1.1.11.6. pysisyphus.interpolate.Redund module
      • 17.1.1.11.7. pysisyphus.interpolate.helpers module
      • 17.1.1.11.8. Module contents
    • 17.1.1.12. pysisyphus.io package
      • 17.1.1.12.1. Submodules
      • 17.1.1.12.2. pysisyphus.io.aomix module
      • 17.1.1.12.3. pysisyphus.io.bson module
      • 17.1.1.12.4. pysisyphus.io.cjson module
      • 17.1.1.12.5. pysisyphus.io.coord module
      • 17.1.1.12.6. pysisyphus.io.crd module
      • 17.1.1.12.7. pysisyphus.io.cube module
      • 17.1.1.12.8. pysisyphus.io.fchk module
      • 17.1.1.12.9. pysisyphus.io.hdf5 module
      • 17.1.1.12.10. pysisyphus.io.hessian module
      • 17.1.1.12.11. pysisyphus.io.mol2 module
      • 17.1.1.12.12. pysisyphus.io.molcas module
      • 17.1.1.12.13. pysisyphus.io.molden module
      • 17.1.1.12.14. pysisyphus.io.orca module
      • 17.1.1.12.15. pysisyphus.io.pdb module
      • 17.1.1.12.16. pysisyphus.io.psf module
      • 17.1.1.12.17. pysisyphus.io.pubchem module
      • 17.1.1.12.18. pysisyphus.io.qcschema module
      • 17.1.1.12.19. pysisyphus.io.sdf module
      • 17.1.1.12.20. pysisyphus.io.trexio module
      • 17.1.1.12.21. pysisyphus.io.xyz module
      • 17.1.1.12.22. pysisyphus.io.zip module
      • 17.1.1.12.23. pysisyphus.io.zmat module
      • 17.1.1.12.24. Module contents
    • 17.1.1.13. pysisyphus.irc package
      • 17.1.1.13.1. Submodules
      • 17.1.1.13.2. pysisyphus.irc.DWI module
      • 17.1.1.13.3. pysisyphus.irc.DampedVelocityVerlet module
      • 17.1.1.13.4. pysisyphus.irc.Euler module
      • 17.1.1.13.5. pysisyphus.irc.EulerPC module
      • 17.1.1.13.6. pysisyphus.irc.GonzalezSchlegel module
      • 17.1.1.13.7. pysisyphus.irc.IMKMod module
      • 17.1.1.13.8. pysisyphus.irc.IRC module
      • 17.1.1.13.9. pysisyphus.irc.IRCDummy module
      • 17.1.1.13.10. pysisyphus.irc.Instanton module
      • 17.1.1.13.11. pysisyphus.irc.LQA module
      • 17.1.1.13.12. pysisyphus.irc.ModeKill module
      • 17.1.1.13.13. pysisyphus.irc.ParamPlot module
      • 17.1.1.13.14. pysisyphus.irc.RK4 module
      • 17.1.1.13.15. pysisyphus.irc.initial_displ module
      • 17.1.1.13.16. Module contents
    • 17.1.1.14. pysisyphus.line_searches package
      • 17.1.1.14.1. Submodules
      • 17.1.1.14.2. pysisyphus.line_searches.Backtracking module
      • 17.1.1.14.3. pysisyphus.line_searches.HagerZhang module
      • 17.1.1.14.4. pysisyphus.line_searches.LineSearch module
      • 17.1.1.14.5. pysisyphus.line_searches.StrongWolfe module
      • 17.1.1.14.6. pysisyphus.line_searches.interpol module
      • 17.1.1.14.7. Module contents
    • 17.1.1.15. pysisyphus.marcus_dim package
      • 17.1.1.15.1. Submodules
      • 17.1.1.15.2. pysisyphus.marcus_dim.config module
      • 17.1.1.15.3. pysisyphus.marcus_dim.fit module
      • 17.1.1.15.4. pysisyphus.marcus_dim.param module
      • 17.1.1.15.5. pysisyphus.marcus_dim.run module
      • 17.1.1.15.6. pysisyphus.marcus_dim.scan module
      • 17.1.1.15.7. pysisyphus.marcus_dim.types module
      • 17.1.1.15.8. Module contents
    • 17.1.1.16. pysisyphus.modefollow package
      • 17.1.1.16.1. Submodules
      • 17.1.1.16.2. pysisyphus.modefollow.NormalMode module
      • 17.1.1.16.3. pysisyphus.modefollow.davidson module
      • 17.1.1.16.4. pysisyphus.modefollow.lanczos module
      • 17.1.1.16.5. Module contents
    • 17.1.1.17. pysisyphus.numerov package
      • 17.1.1.17.1. Submodules
      • 17.1.1.17.2. pysisyphus.numerov.driver module
      • 17.1.1.17.3. Module contents
    • 17.1.1.18. pysisyphus.numint package
      • 17.1.1.18.1. Submodules
      • 17.1.1.18.2. pysisyphus.numint.angint module
      • 17.1.1.18.3. pysisyphus.numint.atomint module
      • 17.1.1.18.4. pysisyphus.numint.molint module
      • 17.1.1.18.5. pysisyphus.numint.radint module
      • 17.1.1.18.6. Module contents
    • 17.1.1.19. pysisyphus.optimizers package
      • 17.1.1.19.1. Submodules
      • 17.1.1.19.2. pysisyphus.optimizers.BFGS module
      • 17.1.1.19.3. pysisyphus.optimizers.BacktrackingOptimizer module
      • 17.1.1.19.4. pysisyphus.optimizers.ConjugateGradient module
      • 17.1.1.19.5. pysisyphus.optimizers.CubicNewton module
      • 17.1.1.19.6. pysisyphus.optimizers.FIRE module
      • 17.1.1.19.7. pysisyphus.optimizers.HessianOptimizer module
      • 17.1.1.19.8. pysisyphus.optimizers.LBFGS module
      • 17.1.1.19.9. pysisyphus.optimizers.LayerOpt module
      • 17.1.1.19.10. pysisyphus.optimizers.NCOptimizer module
      • 17.1.1.19.11. pysisyphus.optimizers.Optimizer module
      • 17.1.1.19.12. pysisyphus.optimizers.PreconLBFGS module
      • 17.1.1.19.13. pysisyphus.optimizers.PreconSteepestDescent module
      • 17.1.1.19.14. pysisyphus.optimizers.QuickMin module
      • 17.1.1.19.15. pysisyphus.optimizers.RFOptimizer module
      • 17.1.1.19.16. pysisyphus.optimizers.RSA module
      • 17.1.1.19.17. pysisyphus.optimizers.StabilizedQNMethod module
      • 17.1.1.19.18. pysisyphus.optimizers.SteepestDescent module
      • 17.1.1.19.19. pysisyphus.optimizers.StringOptimizer module
      • 17.1.1.19.20. pysisyphus.optimizers.closures module
      • 17.1.1.19.21. pysisyphus.optimizers.cls_map module
      • 17.1.1.19.22. pysisyphus.optimizers.exceptions module
      • 17.1.1.19.23. pysisyphus.optimizers.gdiis module
      • 17.1.1.19.24. pysisyphus.optimizers.guess_hessians module
      • 17.1.1.19.25. pysisyphus.optimizers.hessian_updates module
      • 17.1.1.19.26. pysisyphus.optimizers.poly_fit module
      • 17.1.1.19.27. pysisyphus.optimizers.precon module
      • 17.1.1.19.28. pysisyphus.optimizers.restrict_step module
      • 17.1.1.19.29. Module contents
    • 17.1.1.20. pysisyphus.partfuncs package
      • 17.1.1.20.1. Submodules
      • 17.1.1.20.2. pysisyphus.partfuncs.driver module
      • 17.1.1.20.3. pysisyphus.partfuncs.partfuncs module
      • 17.1.1.20.4. Module contents
    • 17.1.1.21. pysisyphus.plotters package
      • 17.1.1.21.1. Submodules
      • 17.1.1.21.2. pysisyphus.plotters.AnimPlot module
      • 17.1.1.21.3. Module contents
    • 17.1.1.22. pysisyphus.stocastic package
      • 17.1.1.22.1. Submodules
      • 17.1.1.22.2. pysisyphus.stocastic.FragmentKick module
      • 17.1.1.22.3. pysisyphus.stocastic.Kick module
      • 17.1.1.22.4. pysisyphus.stocastic.Pipeline module
      • 17.1.1.22.5. pysisyphus.stocastic.align module
      • 17.1.1.22.6. Module contents
    • 17.1.1.23. pysisyphus.tests package
      • 17.1.1.23.1. Submodules
      • 17.1.1.23.2. pysisyphus.tests.test_calculators module
      • 17.1.1.23.3. Module contents
    • 17.1.1.24. pysisyphus.tsoptimizers package
      • 17.1.1.24.1. Submodules
      • 17.1.1.24.2. pysisyphus.tsoptimizers.RSIRFOptimizer module
      • 17.1.1.24.3. pysisyphus.tsoptimizers.RSPRFOptimizer module
      • 17.1.1.24.4. pysisyphus.tsoptimizers.TRIM module
      • 17.1.1.24.5. pysisyphus.tsoptimizers.TSHessianOptimizer module
      • 17.1.1.24.6. Module contents
    • 17.1.1.25. pysisyphus.wavefunction package
      • 17.1.1.25.1. Subpackages
      • 17.1.1.25.2. Submodules
      • 17.1.1.25.3. pysisyphus.wavefunction.Basis module
      • 17.1.1.25.4. pysisyphus.wavefunction.DIIS module
      • 17.1.1.25.5. pysisyphus.wavefunction.backend_numba module
      • 17.1.1.25.6. pysisyphus.wavefunction.backend_numba_multipole module
      • 17.1.1.25.7. pysisyphus.wavefunction.backend_python module
      • 17.1.1.25.8. pysisyphus.wavefunction.bond_order module
      • 17.1.1.25.9. pysisyphus.wavefunction.cart2sph module
      • 17.1.1.25.10. pysisyphus.wavefunction.density_numba module
      • 17.1.1.25.11. pysisyphus.wavefunction.dma module
      • 17.1.1.25.12. pysisyphus.wavefunction.excited_states module
      • 17.1.1.25.13. pysisyphus.wavefunction.gdma_int module
      • 17.1.1.25.14. pysisyphus.wavefunction.gen_ints module
      • 17.1.1.25.15. pysisyphus.wavefunction.helpers module
      • 17.1.1.25.16. pysisyphus.wavefunction.localization module
      • 17.1.1.25.17. pysisyphus.wavefunction.multipole module
      • 17.1.1.25.18. pysisyphus.wavefunction.normalization module
      • 17.1.1.25.19. pysisyphus.wavefunction.pop_analysis module
      • 17.1.1.25.20. pysisyphus.wavefunction.shells module
      • 17.1.1.25.21. pysisyphus.wavefunction.shells_molcas module
      • 17.1.1.25.22. pysisyphus.wavefunction.shells_pyscf module
      • 17.1.1.25.23. pysisyphus.wavefunction.shells_trexio module
      • 17.1.1.25.24. pysisyphus.wavefunction.so_coupling module
      • 17.1.1.25.25. pysisyphus.wavefunction.solid_harmonics module
      • 17.1.1.25.26. pysisyphus.wavefunction.wavefunction module
      • 17.1.1.25.27. Module contents
    • 17.1.1.26. pysisyphus.wrapper package
      • 17.1.1.26.1. Submodules
      • 17.1.1.26.2. pysisyphus.wrapper.crest module
      • 17.1.1.26.3. pysisyphus.wrapper.exceptions module
      • 17.1.1.26.4. pysisyphus.wrapper.jmol module
      • 17.1.1.26.5. pysisyphus.wrapper.mwfn module
      • 17.1.1.26.6. pysisyphus.wrapper.packmol module
      • 17.1.1.26.7. Module contents
  • 17.1.2. Submodules
  • 17.1.3. pysisyphus.Geometry module
    • Geometry
      • Geometry.__init__()
      • Geometry.align_principal_axes()
      • Geometry.all_energies
      • Geometry.approximate_radius()
      • Geometry.as_ascii_art()
      • Geometry.as_ase_atoms()
      • Geometry.as_g98_list()
      • Geometry.as_xyz()
      • Geometry.assert_cart_coords()
      • Geometry.assert_compatibility()
      • Geometry.atom_indices()
      • Geometry.atom_types
      • Geometry.atom_xyz_iter()
      • Geometry.atomic_numbers
      • Geometry.bond_sets
      • Geometry.calc_double_ao_overlap()
      • Geometry.calc_energy()
      • Geometry.calc_energy_and_forces()
      • Geometry.calc_relaxed_density()
      • Geometry.calc_wavefunction()
      • Geometry.cart_coords
      • Geometry.cart_forces
      • Geometry.cart_gradient
      • Geometry.cart_hessian
      • Geometry.center()
      • Geometry.center_of_mass
      • Geometry.center_of_mass_at()
      • Geometry.centroid
      • Geometry.clear()
      • Geometry.comment
      • Geometry.coord_types
      • Geometry.coords
      • Geometry.coords3d
      • Geometry.coords_by_type
      • Geometry.copy()
      • Geometry.copy_all()
      • Geometry.covalent_radii
      • Geometry.del_atoms()
      • Geometry.describe()
      • Geometry.dump_trj()
      • Geometry.dump_xyz()
      • Geometry.eckart_projection()
      • Geometry.energy
      • Geometry.fd_coords3d_gen()
      • Geometry.forces
      • Geometry.get_energy_and_cart_forces_at()
      • Geometry.get_energy_and_cart_hessian_at()
      • Geometry.get_energy_and_forces_at()
      • Geometry.get_energy_at()
      • Geometry.get_energy_at_cart_coords()
      • Geometry.get_fragments()
      • Geometry.get_hessian_projector()
      • Geometry.get_imag_frequencies()
      • Geometry.get_normal_modes()
      • Geometry.get_restart_info()
      • Geometry.get_root_energy()
      • Geometry.get_sphere_radius()
      • Geometry.get_subgeom()
      • Geometry.get_subgeom_without()
      • Geometry.get_temporary_coords()
      • Geometry.get_thermoanalysis()
      • Geometry.get_trans_rot_projector()
      • Geometry.gradient
      • Geometry.has_all_energies()
      • Geometry.has_energy
      • Geometry.has_forces
      • Geometry.has_hessian()
      • Geometry.hessian
      • Geometry.inertia_tensor
      • Geometry.is_analytical_2d
      • Geometry.is_linear
      • Geometry.jmol()
      • Geometry.layers
      • Geometry.mass_weigh_hessian()
      • Geometry.masses
      • Geometry.masses_rep
      • Geometry.mm_inv
      • Geometry.mm_sqrt_inv
      • Geometry.modes3d()
      • Geometry.moving_atoms
      • Geometry.moving_atoms_jmol()
      • Geometry.mw_coords
      • Geometry.mw_gradient
      • Geometry.mw_hessian
      • Geometry.principal_axes_are_aligned()
      • Geometry.reparametrize()
      • Geometry.reset_coords()
      • Geometry.rmsd()
      • Geometry.rotate()
      • Geometry.set_calculator()
      • Geometry.set_coord()
      • Geometry.set_coords()
      • Geometry.set_h5_hessian()
      • Geometry.set_restart_info()
      • Geometry.set_results()
      • Geometry.standard_orientation()
      • Geometry.sum_formula
      • Geometry.td_1tdms
      • Geometry.tmp_xyz_handle()
      • Geometry.total_mass
      • Geometry.unweight_mw_hessian()
      • Geometry.vdw_radii
      • Geometry.vdw_volume()
      • Geometry.wavefunction
      • Geometry.without_hydrogens()
      • Geometry.zero_frozen_forces()
    • normalize_atoms()
  • 17.1.4. pysisyphus.MOCoeffs module
    • MOCoeffs
      • MOCoeffs.Ca
      • MOCoeffs.Cb
      • MOCoeffs.ensa
      • MOCoeffs.ensb
      • MOCoeffs.homoa
      • MOCoeffs.homob
      • MOCoeffs.lumoa
      • MOCoeffs.lumob
      • MOCoeffs.occa
      • MOCoeffs.occb
      • MOCoeffs.occsa
      • MOCoeffs.occsb
      • MOCoeffs.plot_mo_energies()
      • MOCoeffs.restricted
      • MOCoeffs.swap_inplace()
      • MOCoeffs.swap_mos()
      • MOCoeffs.unrestricted
      • MOCoeffs.virt_indsa
      • MOCoeffs.virt_indsb
    • filter_ens()
    • occ_from_occs()
  • 17.1.5. pysisyphus.TablePrinter module
    • TablePrinter
      • TablePrinter.nfields
      • TablePrinter.print()
      • TablePrinter.print_header()
      • TablePrinter.print_row()
      • TablePrinter.print_rows()
      • TablePrinter.print_sep()
    • center()
    • parse_fstring()
    • res_to_fstring()
  • 17.1.6. pysisyphus.color module
    • bool_color()
    • green()
    • red()
  • 17.1.7. pysisyphus.config module
    • detect_paths()
    • get_cmd()
    • parse_args()
    • run_detect_paths()
  • 17.1.8. pysisyphus.constants module
  • 17.1.9. pysisyphus.elem_data module
    • atomic_numbers_for_atoms()
    • get_tm_indices()
    • masses_for_atoms()
    • nuc_charges_for_atoms()
  • 17.1.10. pysisyphus.exceptions module
    • CalculationFailedException
    • DifferentAtomOrdering
    • HEIIsFirstOrLastException
    • RunAfterCalculationFailedException
  • 17.1.11. pysisyphus.executors module
    • CloudpickleProcessPoolExecutor
      • CloudpickleProcessPoolExecutor.submit()
    • MaybeScheduler
    • apply_cloudpickle()
  • 17.1.12. pysisyphus.filtertrj module
    • get_unique_internals()
    • parse_args()
    • parse_filter()
    • run()
  • 17.1.13. pysisyphus.finite_diffs module
    • finite_difference_gradient()
    • finite_difference_hessian()
    • finite_difference_hessian_mp()
    • grad_func()
    • periodic_fd_2_8()
    • periodic_finite_difference()
  • 17.1.14. pysisyphus.helpers module
    • FinalHessianResult
      • FinalHessianResult.eigvals
      • FinalHessianResult.imag_fns
      • FinalHessianResult.neg_eigvals
      • FinalHessianResult.nus
      • FinalHessianResult.thermo
    • align_coords()
    • align_geoms()
    • check_for_end_sign()
    • complete_fragments()
    • confirm_input()
    • do_final_hessian()
    • fit_rigid()
    • geom_from_missing_ext()
    • geom_from_xyz_file()
    • geom_loader()
    • geoms_from_trj()
    • get_coords_diffs()
    • get_fragment_xyzs()
    • get_geom_getter()
    • get_tangent_trj_str()
    • imag_modes_from_geom()
    • index_array_from_overlaps()
    • match_geoms()
    • norm_max_rms()
    • np_print()
    • pick_image_inds()
    • print_barrier()
    • procrustes()
    • shake_coords()
    • simple_peaks()
    • slugify_worker()
  • 17.1.15. pysisyphus.helpers_pure module
    • OrderedEnum
    • approx_float()
    • argsort()
    • cache_arrays()
    • check_mem()
    • chunks()
    • describe()
    • eigval_to_wavenumber()
    • estimate()
    • expand()
    • file_or_str()
    • filter_fixture_store()
    • find_closest_sequence()
    • full_expand()
    • get_box()
    • get_clock()
    • get_cubic_crystal()
    • get_input()
    • get_molecular_radius()
    • get_random_path()
    • get_ratio()
    • get_state_label()
    • hash_args()
    • hash_arr()
    • highlight_text()
    • increment_fn()
    • interpolate_colors()
    • json_to_results()
    • kill_dir()
    • log()
    • merge_sets()
    • molecular_volume()
    • recursive_extract()
    • recursive_update()
    • remove_duplicates()
    • render_sp_stats()
    • report_frozen_atoms()
    • report_isotopes()
    • results_to_json()
    • rms()
    • sort_by_central()
    • standard_state_corr()
    • timed()
    • to_sets()
    • to_subscript_num()
    • touch()
  • 17.1.16. pysisyphus.hessian_proj module
    • Orientation
      • Orientation.com
      • Orientation.coords3d
      • Orientation.coords3d_org
      • Orientation.inertia_tensor
      • Orientation.masses
      • Orientation.rot_mat
      • Orientation.rotate_gradient()
    • get_hessian_projector()
    • get_projector()
    • get_standard_orientation()
    • get_trans_rot_projector()
    • get_trans_rot_vectors()
    • get_unit_orientation()
    • inertia_tensor()
  • 17.1.17. pysisyphus.init_logging module
    • get_fh_logger()
    • init_logging()
    • init_logging_base()
  • 17.1.18. pysisyphus.linalg module
    • are_collinear()
    • cross3()
    • eigvec_grad()
    • fd_rmsd_hessian()
    • get_rot_mat()
    • get_rot_mat_for_coords()
    • gram_schmidt()
    • make_unit_vec()
    • matrix_power()
    • multi_component_sym_mat()
    • norm3()
    • orthogonalize_against()
    • perp_comp()
    • pivoted_cholesky()
    • pivoted_cholesky2()
    • quaternion_to_rot_mat()
    • rmsd_grad()
    • rot_quaternion()
    • svd_inv()
    • sym_mat_from_tril()
    • sym_mat_from_triu()
  • 17.1.19. pysisyphus.linalg_affine3 module
    • augment_matrix()
    • augment_vector()
    • augment_vectors()
    • householder_reflection_matrix()
    • inv_translation_matrix()
    • plane_normal()
    • reflect_coords()
    • reflection_matrix()
    • rotation_matrix_for_rot_around_vec()
    • rotation_matrix_for_vec_align()
    • svd_plane_normal()
    • translation_matrix()
  • 17.1.20. pysisyphus.pack module
  • 17.1.21. pysisyphus.peakdetect module
    • peakdetect()
    • peakdetect_fft()
    • peakdetect_parabola()
    • peakdetect_sine()
    • peakdetect_sine_locked()
    • peakdetect_spline()
    • peakdetect_zero_crossing()
    • zero_crossings()
    • zero_crossings_sine_fit()
  • 17.1.22. pysisyphus.plot module
    • CDD_PNG_FNS
    • anim_cos()
    • get_en_conv()
    • get_force_unit()
    • list_h5_groups()
    • load_h5()
    • parse_args()
    • plot_afir()
    • plot_all_energies()
    • plot_calculations()
    • plot_cos_energies()
    • plot_cos_forces()
    • plot_cycle()
    • plot_gau()
    • plot_irc()
    • plot_irc_h5()
    • plot_md()
    • plot_opt()
    • plot_overlaps()
    • plot_scan()
    • plot_trj_energies()
    • render_cdds()
    • run()
    • spline_plot_cycles()
  • 17.1.23. pysisyphus.plot_ascii module
    • Grid
      • Grid.put()
    • plot()
    • plot_wrapper()
  • 17.1.24. pysisyphus.run module
  • 17.1.25. pysisyphus.socket_helper module
    • get_fmts()
    • recv_closure()
    • send_closure()
  • 17.1.26. pysisyphus.testing module
    • DummyMark
    • available()
    • module_available()
    • using()
  • 17.1.27. pysisyphus.thermo module
    • get_thermoanalysis_from_hess_h5()
    • print_thermoanalysis()
  • 17.1.28. pysisyphus.timing module
    • RuntimeEstimation
      • RuntimeEstimation.mean_est
      • RuntimeEstimation.median_est
      • RuntimeEstimation.nremain
      • RuntimeEstimation.render_mean()
      • RuntimeEstimation.render_median()
    • estimate_runtime()
    • render()
  • 17.1.29. pysisyphus.trj module
  • 17.1.30. pysisyphus.typing module
  • 17.1.31. pysisyphus.version module
  • 17.1.32. pysisyphus.xyzloader module
    • coords_to_trj()
    • make_trj_str()
    • make_trj_str_from_geoms()
    • make_xyz_str()
    • make_xyz_str_au()
    • parse_trj_file()
    • parse_trj_str()
    • parse_xyz_file()
    • parse_xyz_str()
    • split_xyz_str()
    • write_geoms_to_trj()
  • 17.1.33. pysisyphus.yaml_mods module
    • get_constructor()
    • get_loader()
  • 17.1.34. Module contents