pysisyphus
stable
Contents:
1. Overview of pysisyphus
2. Installation
3. Installation via Nix
4. Worked example
5. Coordinate Systems
6. Calculators
7. Minimization
8. Minimization with Microiterations
9. Relaxed Scans
10. Excited State Optimization
11. Chain Of States Methods
12. Transition State Optimization
13. Intrinsic Reaction Coordinate (IRC)
14. Plotting
15. Working with Geometries
16. pysisyphus
16.1. pysisyphus package
16.1.1. Subpackages
16.1.1.1. pysisyphus.benchmarks package
16.1.1.2. pysisyphus.calculators package
16.1.1.3. pysisyphus.cos package
16.1.1.4. pysisyphus.db package
16.1.1.5. pysisyphus.drivers package
16.1.1.6. pysisyphus.dynamics package
16.1.1.7. pysisyphus.intcoords package
16.1.1.8. pysisyphus.interpolate package
16.1.1.9. pysisyphus.io package
16.1.1.10. pysisyphus.irc package
16.1.1.11. pysisyphus.line_searches package
16.1.1.12. pysisyphus.modefollow package
16.1.1.13. pysisyphus.optimizers package
16.1.1.14. pysisyphus.plotters package
16.1.1.15. pysisyphus.stocastic package
16.1.1.16. pysisyphus.tests package
16.1.1.17. pysisyphus.tsoptimizers package
16.1.1.18. pysisyphus.wrapper package
16.1.2. Submodules
16.1.3. pysisyphus.Geometry module
16.1.4. pysisyphus.TableFormatter module
16.1.5. pysisyphus.TablePrinter module
16.1.6. pysisyphus.color module
16.1.7. pysisyphus.config module
16.1.8. pysisyphus.constants module
16.1.9. pysisyphus.elem_data module
16.1.10. pysisyphus.exceptions module
16.1.11. pysisyphus.filtertrj module
16.1.12. pysisyphus.helpers module
16.1.13. pysisyphus.helpers_pure module
16.1.14. pysisyphus.init_logging module
16.1.15. pysisyphus.linalg module
16.1.16. pysisyphus.pack module
16.1.17. pysisyphus.peakdetect module
16.1.18. pysisyphus.plot module
16.1.19. pysisyphus.run module
16.1.20. pysisyphus.socket_helper module
16.1.21. pysisyphus.testing module
16.1.22. pysisyphus.thermo module
16.1.23. pysisyphus.trj module
16.1.24. pysisyphus.version module
16.1.25. pysisyphus.xyzloader module
16.1.26. pysisyphus.yaml_mods module
16.1.27. Module contents
pysisyphus
»
16.
pysisyphus
»
16.1.
pysisyphus package
»
16.1.1.16.
pysisyphus.tests package
Edit on GitHub
16.1.1.16.
pysisyphus.tests package
16.1.1.16.1.
Submodules
16.1.1.16.2.
pysisyphus.tests.test_calculators module
16.1.1.16.3.
Module contents
Read the Docs
v: stable
Versions
master
latest
stable
dev
Downloads
pdf
html
epub
On Read the Docs
Project Home
Builds