All modules for which code is available
- pysisyphus.Geometry
- pysisyphus.TableFormatter
- pysisyphus.TablePrinter
- pysisyphus.benchmarks.Benchmark
- pysisyphus.benchmarks.data
- pysisyphus.calculators.AFIR
- pysisyphus.calculators.AnaPot
- pysisyphus.calculators.AnaPot2
- pysisyphus.calculators.AnaPot3
- pysisyphus.calculators.AnaPot4
- pysisyphus.calculators.AnaPotBase
- pysisyphus.calculators.AnaPotCBM
- pysisyphus.calculators.AtomAtomTransTorque
- pysisyphus.calculators.CFOUR
- pysisyphus.calculators.Calculator
- pysisyphus.calculators.CerjanMiller
- pysisyphus.calculators.Composite
- pysisyphus.calculators.ConicalIntersection
- pysisyphus.calculators.DFTBp
- pysisyphus.calculators.DFTD3
- pysisyphus.calculators.DFTD4
- pysisyphus.calculators.Dalton
- pysisyphus.calculators.Dimer
- pysisyphus.calculators.Dummy
- pysisyphus.calculators.EGO
- pysisyphus.calculators.EnergyMin
- pysisyphus.calculators.ExternalPotential
- pysisyphus.calculators.FakeASE
- pysisyphus.calculators.FourWellAnaPot
- pysisyphus.calculators.FreeEndNEBPot
- pysisyphus.calculators.Gaussian09
- pysisyphus.calculators.Gaussian16
- pysisyphus.calculators.HardSphere
- pysisyphus.calculators.IDPPCalculator
- pysisyphus.calculators.IPIClient
- pysisyphus.calculators.IPIServer
- pysisyphus.calculators.LEPSBase
- pysisyphus.calculators.LEPSExpr
- pysisyphus.calculators.LennardJones
- pysisyphus.calculators.MOPAC
- pysisyphus.calculators.MullerBrownSympyPot
- pysisyphus.calculators.MultiCalc
- pysisyphus.calculators.OBabel
- pysisyphus.calculators.ONIOMv2
- pysisyphus.calculators.ORCA
- pysisyphus.calculators.ORCA5
- pysisyphus.calculators.OpenMM
- pysisyphus.calculators.OpenMolcas
- pysisyphus.calculators.OverlapCalculator
- pysisyphus.calculators.Psi4
- pysisyphus.calculators.PyPsi4
- pysisyphus.calculators.PyXTB
- pysisyphus.calculators.Rastrigin
- pysisyphus.calculators.Remote
- pysisyphus.calculators.Rosenbrock
- pysisyphus.calculators.SocketCalc
- pysisyphus.calculators.TIP3P
- pysisyphus.calculators.TransTorque
- pysisyphus.calculators.Turbomole
- pysisyphus.calculators.WFOWrapper
- pysisyphus.calculators.WFOWrapper2
- pysisyphus.calculators.XTB
- pysisyphus.calculators.parser
- pysisyphus.color
- pysisyphus.config
- pysisyphus.cos.AdaptiveNEB
- pysisyphus.cos.ChainOfStates
- pysisyphus.cos.FreeEndNEB
- pysisyphus.cos.FreezingString
- pysisyphus.cos.GrowingChainOfStates
- pysisyphus.cos.GrowingNT
- pysisyphus.cos.GrowingString
- pysisyphus.cos.NEB
- pysisyphus.cos.SimpleZTS
- pysisyphus.db.generate_db
- pysisyphus.db.helpers
- pysisyphus.drivers.afir
- pysisyphus.drivers.barriers
- pysisyphus.drivers.birkholz
- pysisyphus.drivers.merge
- pysisyphus.drivers.opt
- pysisyphus.drivers.perf
- pysisyphus.drivers.pka
- pysisyphus.drivers.precon_pos_rot
- pysisyphus.drivers.rates
- pysisyphus.drivers.replace
- pysisyphus.drivers.scan
- pysisyphus.drivers.thermo
- pysisyphus.dynamics.Gaussian
- pysisyphus.dynamics.colvars
- pysisyphus.dynamics.driver
- pysisyphus.dynamics.helpers
- pysisyphus.dynamics.lincs
- pysisyphus.dynamics.mdp
- pysisyphus.dynamics.rattle
- pysisyphus.dynamics.thermostats
- pysisyphus.elem_data
- pysisyphus.exceptions
- pysisyphus.filtertrj
- pysisyphus.helpers
- pysisyphus.helpers_pure
- pysisyphus.init_logging
- pysisyphus.intcoords.Bend
- pysisyphus.intcoords.Bend2
- pysisyphus.intcoords.BondedFragment
- pysisyphus.intcoords.Cartesian
- pysisyphus.intcoords.CartesianCoords
- pysisyphus.intcoords.Coords
- pysisyphus.intcoords.DLC
- pysisyphus.intcoords.DistanceFunction
- pysisyphus.intcoords.DummyImproper
- pysisyphus.intcoords.DummyTorsion
- pysisyphus.intcoords.LinearBend
- pysisyphus.intcoords.LinearDisplacement
- pysisyphus.intcoords.OutOfPlane
- pysisyphus.intcoords.PrimTypes
- pysisyphus.intcoords.Primitive
- pysisyphus.intcoords.RedundantCoords
- pysisyphus.intcoords.RobustTorsion
- pysisyphus.intcoords.Rotation
- pysisyphus.intcoords.Stretch
- pysisyphus.intcoords.Torsion
- pysisyphus.intcoords.Torsion2
- pysisyphus.intcoords.Translation
- pysisyphus.intcoords.augment_bonds
- pysisyphus.intcoords.derivatives
- pysisyphus.intcoords.eval
- pysisyphus.intcoords.exceptions
- pysisyphus.intcoords.findiffs
- pysisyphus.intcoords.generate_derivatives
- pysisyphus.intcoords.helpers
- pysisyphus.intcoords.mp_derivatives
- pysisyphus.intcoords.setup
- pysisyphus.intcoords.setup_fast
- pysisyphus.intcoords.update
- pysisyphus.intcoords.valid
- pysisyphus.interpolate.IDPP
- pysisyphus.interpolate.Interpolator
- pysisyphus.interpolate.LST
- pysisyphus.interpolate.Redund
- pysisyphus.interpolate.helpers
- pysisyphus.io.cjson
- pysisyphus.io.crd
- pysisyphus.io.hdf5
- pysisyphus.io.hessian
- pysisyphus.io.mol2
- pysisyphus.io.molden
- pysisyphus.io.pdb
- pysisyphus.io.pubchem
- pysisyphus.io.qcschema
- pysisyphus.io.sdf
- pysisyphus.io.xyz
- pysisyphus.io.zmat
- pysisyphus.irc.DWI
- pysisyphus.irc.DampedVelocityVerlet
- pysisyphus.irc.Euler
- pysisyphus.irc.EulerPC
- pysisyphus.irc.GonzalezSchlegel
- pysisyphus.irc.IMKMod
- pysisyphus.irc.IRC
- pysisyphus.irc.IRCDummy
- pysisyphus.irc.Instanton
- pysisyphus.irc.LQA
- pysisyphus.irc.ModeKill
- pysisyphus.irc.ParamPlot
- pysisyphus.irc.RK4
- pysisyphus.irc.initial_displ
- pysisyphus.linalg
- pysisyphus.line_searches.Backtracking
- pysisyphus.line_searches.HagerZhang
- pysisyphus.line_searches.LineSearch
- pysisyphus.line_searches.StrongWolfe
- pysisyphus.line_searches.interpol
- pysisyphus.modefollow.NormalMode
- pysisyphus.modefollow.davidson
- pysisyphus.modefollow.lanczos
- pysisyphus.optimizers.BFGS
- pysisyphus.optimizers.BacktrackingOptimizer
- pysisyphus.optimizers.ConjugateGradient
- pysisyphus.optimizers.CubicNewton
- pysisyphus.optimizers.FIRE
- pysisyphus.optimizers.HessianOptimizer
- pysisyphus.optimizers.LBFGS
- pysisyphus.optimizers.LayerOpt
- pysisyphus.optimizers.MicroOptimizer
- pysisyphus.optimizers.NCOptimizer
- pysisyphus.optimizers.Optimizer
- pysisyphus.optimizers.PreconLBFGS
- pysisyphus.optimizers.PreconSteepestDescent
- pysisyphus.optimizers.QuickMin
- pysisyphus.optimizers.RFOptimizer
- pysisyphus.optimizers.RSA
- pysisyphus.optimizers.StabilizedQNMethod
- pysisyphus.optimizers.SteepestDescent
- pysisyphus.optimizers.StringOptimizer
- pysisyphus.optimizers.closures
- pysisyphus.optimizers.cls_map
- pysisyphus.optimizers.exceptions
- pysisyphus.optimizers.gdiis
- pysisyphus.optimizers.guess_hessians
- pysisyphus.optimizers.hessian_updates
- pysisyphus.optimizers.poly_fit
- pysisyphus.optimizers.precon
- pysisyphus.optimizers.restrict_step
- pysisyphus.pack
- pysisyphus.peakdetect
- pysisyphus.plot
- pysisyphus.plotters.AnimPlot
- pysisyphus.run
- pysisyphus.socket_helper
- pysisyphus.stocastic.FragmentKick
- pysisyphus.stocastic.Kick
- pysisyphus.stocastic.Pipeline
- pysisyphus.stocastic.align
- pysisyphus.testing
- pysisyphus.thermo
- pysisyphus.trj
- pysisyphus.tsoptimizers.RSIRFOptimizer
- pysisyphus.tsoptimizers.RSPRFOptimizer
- pysisyphus.tsoptimizers.TRIM
- pysisyphus.tsoptimizers.TSHessianOptimizer
- pysisyphus.wrapper.jmol
- pysisyphus.wrapper.mwfn
- pysisyphus.wrapper.packmol
- pysisyphus.xyzloader
- pysisyphus.yaml_mods