All modules for which code is available
- pysisyphus.Geometry
- pysisyphus.MOCoeffs
- pysisyphus.TablePrinter
- pysisyphus.benchmarks.Benchmark
- pysisyphus.benchmarks.data
- pysisyphus.calculators.AFIR
- pysisyphus.calculators.AtomAtomTransTorque
- pysisyphus.calculators.Calculator
- pysisyphus.calculators.pyscf_lazy
- pysisyphus.color
- pysisyphus.config
- pysisyphus.cos.FreezingString
- pysisyphus.cos.GrowingNT
- pysisyphus.cos.distributed
- pysisyphus.cos.stiffness
- pysisyphus.diabatization.chimerabatch
- pysisyphus.diabatization.coulomb
- pysisyphus.diabatization.coulomb_eta
- pysisyphus.diabatization.driver_yaml
- pysisyphus.diabatization.helpers
- pysisyphus.diabatization.multipole
- pysisyphus.diabatization.plot
- pysisyphus.diabatization.results
- pysisyphus.dynamics.Gaussian
- pysisyphus.dynamics.colvars
- pysisyphus.dynamics.driver
- pysisyphus.dynamics.helpers
- pysisyphus.dynamics.lincs
- pysisyphus.dynamics.mdp
- pysisyphus.dynamics.rattle
- pysisyphus.dynamics.thermostats
- pysisyphus.dynamics.wigner
- pysisyphus.elem_data
- pysisyphus.exceptions
- pysisyphus.executors
- pysisyphus.filtertrj
- pysisyphus.finite_diffs
- pysisyphus.franckcondon.duschinsky
- pysisyphus.franckcondon.helpers
- pysisyphus.franckcondon.imdho
- pysisyphus.franckcondon.lq2
- pysisyphus.helpers
- pysisyphus.helpers_pure
- pysisyphus.hessian_proj
- pysisyphus.hindered_rotor.RotorInfo
- pysisyphus.hindered_rotor.fragment
- pysisyphus.hindered_rotor.inertmom
- pysisyphus.init_logging
- pysisyphus.intcoords.Bend
- pysisyphus.intcoords.Bend2
- pysisyphus.intcoords.BondedFragment
- pysisyphus.intcoords.Cartesian
- pysisyphus.intcoords.CartesianCoords
- pysisyphus.intcoords.Coords
- pysisyphus.intcoords.DLC
- pysisyphus.intcoords.DistanceFunction
- pysisyphus.intcoords.DummyImproper
- pysisyphus.intcoords.DummyTorsion
- pysisyphus.intcoords.LinearBend
- pysisyphus.intcoords.LinearDisplacement
- pysisyphus.intcoords.OutOfPlane
- pysisyphus.intcoords.PrimTypes
- pysisyphus.intcoords.Primitive
- pysisyphus.intcoords.RedundantCoords
- pysisyphus.intcoords.RobustTorsion
- pysisyphus.intcoords.Rotation
- pysisyphus.intcoords.Stretch
- pysisyphus.intcoords.Torsion
- pysisyphus.intcoords.Torsion2
- pysisyphus.intcoords.Translation
- pysisyphus.intcoords.augment_bonds
- pysisyphus.intcoords.derivatives
- pysisyphus.intcoords.eval
- pysisyphus.intcoords.exceptions
- pysisyphus.intcoords.findiffs
- pysisyphus.intcoords.generate_derivatives
- pysisyphus.intcoords.helpers
- pysisyphus.intcoords.mp_derivatives
- pysisyphus.intcoords.setup
- pysisyphus.intcoords.setup_fast
- pysisyphus.intcoords.update
- pysisyphus.intcoords.valid
- pysisyphus.io.aomix
- pysisyphus.io.bson
- pysisyphus.io.cjson
- pysisyphus.io.crd
- pysisyphus.io.cube
- pysisyphus.io.fchk
- pysisyphus.io.hdf5
- pysisyphus.io.hessian
- pysisyphus.io.mol2
- pysisyphus.io.molcas
- pysisyphus.io.molden
- pysisyphus.io.orca
- pysisyphus.io.pdb
- pysisyphus.io.pubchem
- pysisyphus.io.qcschema
- pysisyphus.io.sdf
- pysisyphus.io.xyz
- pysisyphus.io.zmat
- pysisyphus.irc.Instanton
- pysisyphus.irc.initial_displ
- pysisyphus.linalg
- pysisyphus.linalg_affine3
- pysisyphus.line_searches.Backtracking
- pysisyphus.line_searches.HagerZhang
- pysisyphus.line_searches.LineSearch
- pysisyphus.line_searches.StrongWolfe
- pysisyphus.line_searches.interpol
- pysisyphus.marcus_dim.fit
- pysisyphus.marcus_dim.param
- pysisyphus.marcus_dim.run
- pysisyphus.marcus_dim.scan
- pysisyphus.marcus_dim.types
- pysisyphus.modefollow.NormalMode
- pysisyphus.modefollow.davidson
- pysisyphus.modefollow.lanczos
- pysisyphus.numerov.driver
- pysisyphus.numint.angint
- pysisyphus.numint.atomint
- pysisyphus.numint.molint
- pysisyphus.numint.radint
- pysisyphus.optimizers.closures
- pysisyphus.optimizers.exceptions
- pysisyphus.optimizers.gdiis
- pysisyphus.optimizers.hessian_updates
- pysisyphus.optimizers.poly_fit
- pysisyphus.optimizers.restrict_step
- pysisyphus.partfuncs.partfuncs
- pysisyphus.peakdetect
- pysisyphus.plot
- pysisyphus.plot_ascii
- pysisyphus.socket_helper
- pysisyphus.testing
- pysisyphus.thermo
- pysisyphus.timing
- pysisyphus.wavefunction.Basis
- pysisyphus.wavefunction.DIIS
- pysisyphus.wavefunction.backend_numba
- pysisyphus.wavefunction.backend_numba_multipole
- pysisyphus.wavefunction.backend_python
- pysisyphus.wavefunction.bond_order
- pysisyphus.wavefunction.cart2sph
- pysisyphus.wavefunction.density_numba
- pysisyphus.wavefunction.dma
- pysisyphus.wavefunction.excited_states
- pysisyphus.wavefunction.gdma_int
- pysisyphus.wavefunction.gen_ints
- pysisyphus.wavefunction.helpers
- pysisyphus.wavefunction.ints.boys
- pysisyphus.wavefunction.ints.cart_gto3d
- pysisyphus.wavefunction.ints.coulomb3d
- pysisyphus.wavefunction.ints.diag_quadrupole3d
- pysisyphus.wavefunction.ints.dipole3d
- pysisyphus.wavefunction.ints.int2c2e3d
- pysisyphus.wavefunction.ints.int3c2e3d_sph
- pysisyphus.wavefunction.ints.kinetic3d
- pysisyphus.wavefunction.ints.multipole3d_sph
- pysisyphus.wavefunction.ints.ovlp3d
- pysisyphus.wavefunction.ints.quadrupole3d
- pysisyphus.wavefunction.ints_numba.diag_quadrupole3d
- pysisyphus.wavefunction.ints_numba.dipole3d
- pysisyphus.wavefunction.ints_numba.kinetic3d
- pysisyphus.wavefunction.ints_numba.multipole3d_sph
- pysisyphus.wavefunction.ints_numba.ovlp3d
- pysisyphus.wavefunction.ints_numba.quadrupole3d
- pysisyphus.wavefunction.localization
- pysisyphus.wavefunction.multipole
- pysisyphus.wavefunction.normalization
- pysisyphus.wavefunction.pop_analysis
- pysisyphus.wavefunction.shells
- pysisyphus.wavefunction.shells_molcas
- pysisyphus.wavefunction.shells_pyscf
- pysisyphus.wavefunction.shells_trexio
- pysisyphus.wavefunction.so_coupling
- pysisyphus.wavefunction.solid_harmonics
- pysisyphus.wavefunction.wavefunction
- pysisyphus.wrapper.exceptions
- pysisyphus.wrapper.jmol
- pysisyphus.wrapper.mwfn
- pysisyphus.wrapper.packmol
- pysisyphus.xyzloader
- pysisyphus.yaml_mods