pysisyphus
Contents:
1. Overview of pysisyphus
2. Installation
3. Installation via Nix
4. Worked example
5. Coordinate Systems
6. Calculators
7. Minimization
8. Minimization with Microiterations
9. Relaxed Scans
10. Excited State Optimization
11. Chain Of States Methods
12. Transition State Optimization
13. Intrinsic Reaction Coordinate (IRC)
14. Diabatiziation
15. Plotting
16. Working with Geometries
17. pysisyphus
17.1. pysisyphus package
17.1.1. Subpackages
17.1.1.1. pysisyphus.benchmarks package
17.1.1.2. pysisyphus.calculators package
17.1.1.3. pysisyphus.cos package
17.1.1.4. pysisyphus.db package
17.1.1.5. pysisyphus.drivers package
17.1.1.6. pysisyphus.dynamics package
17.1.1.7. pysisyphus.intcoords package
17.1.1.8. pysisyphus.interpolate package
17.1.1.9. pysisyphus.io package
17.1.1.10. pysisyphus.irc package
17.1.1.11. pysisyphus.line_searches package
17.1.1.12. pysisyphus.modefollow package
17.1.1.13. pysisyphus.optimizers package
17.1.1.14. pysisyphus.plotters package
17.1.1.15. pysisyphus.stocastic package
17.1.1.16. pysisyphus.tests package
17.1.1.17. pysisyphus.tsoptimizers package
17.1.1.18. pysisyphus.wrapper package
17.1.2. Submodules
17.1.3. pysisyphus.Geometry module
17.1.4. pysisyphus.TableFormatter module
17.1.5. pysisyphus.TablePrinter module
17.1.6. pysisyphus.color module
17.1.7. pysisyphus.config module
17.1.8. pysisyphus.constants module
17.1.9. pysisyphus.elem_data module
17.1.10. pysisyphus.exceptions module
17.1.11. pysisyphus.filtertrj module
17.1.12. pysisyphus.helpers module
17.1.13. pysisyphus.helpers_pure module
17.1.14. pysisyphus.init_logging module
17.1.15. pysisyphus.linalg module
17.1.16. pysisyphus.pack module
17.1.17. pysisyphus.peakdetect module
17.1.18. pysisyphus.plot module
17.1.19. pysisyphus.run module
17.1.20. pysisyphus.socket_helper module
17.1.21. pysisyphus.testing module
17.1.22. pysisyphus.thermo module
17.1.23. pysisyphus.trj module
17.1.24. pysisyphus.version module
17.1.25. pysisyphus.xyzloader module
17.1.26. pysisyphus.yaml_mods module
17.1.27. Module contents
pysisyphus
17.
pysisyphus
17.1.
pysisyphus package
17.1.1.14.
pysisyphus.plotters package
View page source
17.1.1.14.
pysisyphus.plotters package
17.1.1.14.1.
Submodules
17.1.1.14.2.
pysisyphus.plotters.AnimPlot module
17.1.1.14.3.
Module contents