All modules for which code is available
- pysisyphus.Geometry
- pysisyphus.TablePrinter
- pysisyphus.benchmarks.Benchmark
- pysisyphus.benchmarks.data
- pysisyphus.calculators.AFIR
- pysisyphus.calculators.AtomAtomTransTorque
- pysisyphus.calculators.Calculator
- pysisyphus.color
- pysisyphus.config
- pysisyphus.cos.FreezingString
- pysisyphus.cos.GrowingNT
- pysisyphus.dynamics.Gaussian
- pysisyphus.dynamics.colvars
- pysisyphus.dynamics.driver
- pysisyphus.dynamics.helpers
- pysisyphus.dynamics.lincs
- pysisyphus.dynamics.mdp
- pysisyphus.dynamics.rattle
- pysisyphus.dynamics.thermostats
- pysisyphus.elem_data
- pysisyphus.exceptions
- pysisyphus.filtertrj
- pysisyphus.helpers
- pysisyphus.helpers_pure
- pysisyphus.init_logging
- pysisyphus.intcoords.Bend
- pysisyphus.intcoords.Bend2
- pysisyphus.intcoords.BondedFragment
- pysisyphus.intcoords.Cartesian
- pysisyphus.intcoords.CartesianCoords
- pysisyphus.intcoords.Coords
- pysisyphus.intcoords.DLC
- pysisyphus.intcoords.DistanceFunction
- pysisyphus.intcoords.DummyImproper
- pysisyphus.intcoords.DummyTorsion
- pysisyphus.intcoords.LinearBend
- pysisyphus.intcoords.LinearDisplacement
- pysisyphus.intcoords.OutOfPlane
- pysisyphus.intcoords.PrimTypes
- pysisyphus.intcoords.Primitive
- pysisyphus.intcoords.RedundantCoords
- pysisyphus.intcoords.RobustTorsion
- pysisyphus.intcoords.Rotation
- pysisyphus.intcoords.Stretch
- pysisyphus.intcoords.Torsion
- pysisyphus.intcoords.Torsion2
- pysisyphus.intcoords.Translation
- pysisyphus.intcoords.augment_bonds
- pysisyphus.intcoords.derivatives
- pysisyphus.intcoords.eval
- pysisyphus.intcoords.exceptions
- pysisyphus.intcoords.findiffs
- pysisyphus.intcoords.generate_derivatives
- pysisyphus.intcoords.helpers
- pysisyphus.intcoords.mp_derivatives
- pysisyphus.intcoords.setup
- pysisyphus.intcoords.setup_fast
- pysisyphus.intcoords.update
- pysisyphus.intcoords.valid
- pysisyphus.io.cjson
- pysisyphus.io.crd
- pysisyphus.io.cube
- pysisyphus.io.hdf5
- pysisyphus.io.hessian
- pysisyphus.io.mol2
- pysisyphus.io.molden
- pysisyphus.io.pdb
- pysisyphus.io.pubchem
- pysisyphus.io.qcschema
- pysisyphus.io.sdf
- pysisyphus.io.xyz
- pysisyphus.io.zmat
- pysisyphus.irc.Instanton
- pysisyphus.irc.initial_displ
- pysisyphus.linalg
- pysisyphus.line_searches.Backtracking
- pysisyphus.line_searches.HagerZhang
- pysisyphus.line_searches.LineSearch
- pysisyphus.line_searches.StrongWolfe
- pysisyphus.line_searches.interpol
- pysisyphus.modefollow.NormalMode
- pysisyphus.modefollow.davidson
- pysisyphus.modefollow.lanczos
- pysisyphus.optimizers.closures
- pysisyphus.optimizers.exceptions
- pysisyphus.optimizers.gdiis
- pysisyphus.optimizers.hessian_updates
- pysisyphus.optimizers.poly_fit
- pysisyphus.optimizers.restrict_step
- pysisyphus.peakdetect
- pysisyphus.plot
- pysisyphus.socket_helper
- pysisyphus.testing
- pysisyphus.thermo
- pysisyphus.wrapper.jmol
- pysisyphus.wrapper.mwfn
- pysisyphus.wrapper.packmol
- pysisyphus.xyzloader
- pysisyphus.yaml_mods